若施工合同无效，同时工程完工后验收不合格，可依据以下方式进行处理：（1）若修复完成后工程通过验收，发包方有权要求承包方承担维修费；（2）反的，若仍未通过验收，承包方可申请支付部分工程款，但将不会得到支持。此外，如因工程质量问题导致的经济损失，在发包方有过失情况下，亦需承担相应民事责任。【法律依据】《民法典》第七百九十九条，建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书、国家颁发的施工验收规范和质量检验标准及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款，并接收该建设工程。建设工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。