关于商铺买卖中的回购问题，其合法性需要从多个角度进行综合评估。首当其冲的是，我们必须考虑到有关回购议定书本身的合规性问题。如果回购环节涉嫌非法集资或者变相融资等违法行为，那么它就可能被判定为非法。其次，在转让过程中，我们需要仔细审查商铺的所有权归属是否明晰，以及是否存在任何形式的抵押、查封等限制转让的情况。此外，转让合同的各项条款也是至关重要的，例如价格、支付方式、权利和义务的约定等等都应该明确且合法。值得一提的是，如果当地政府对于商业地产转让有特定的政策或法规，那么这些规定也必须得到遵守。总而言之，无法简单地断言昆山商铺回购的合法性，这需要根据实际情况进行深入分析。为了确保交易的安全性，我们强烈建议您在进行此类交易之前，寻求专业律师的意见，以便对相关风险进行全面评估。